Nato a Porto, in Portogallo, nel 1957, Joaquim Pinto ha iniziato la sua carriera nel cinema come tecnico del suono, lavorando con registi quali Manoel de Oliveira, Raul Ruiz e André Techiné. Tra il 1987 e il 1996 ha prodotto diversi film, tra cui A Comédia de Deus (1995) di João César Monteiro. Nel 1988 ha diretto il suo lungometraggio d’esordio, Uma Pedra no Bolso, seguito da Onde Bate o Sol (1989). Entrambi sono stati selezionati al Festival internazionale del film di Berlino. Nel 1992 è stato a Locarno con Das Tripas Coração, presentato in Concorso internazionale. Joaquim Pinto ha anche firmato la regia di vari documentari, tra cui Surfavela (1996) e Cidade Velha (1999). Insieme a Nuno Leonel, il suo compagno, dirige una casa editrice specializzata in musica e letteratura.